Tout ça dépends énormément du type de bac et surtout poissons qu'il contient, en particulier de leur niveau d'exigence en oxygène.
Il y a par exemple des killiphiles qui, depuis des années et sans aucun problème, coupent les filtres de leurs bacs toutes les nuits (parce que le nombre de leurs bacs déborde dans leur chambre et que ces derniers les empêchent de dormir ! ! ).
Personnellement je coupe aussi parfois la filtration de mes bacs de killies (du moins de ceux qui sont filtrés, car la grande majorité ne le sont pas) durant les plus chaudes journées d'été afin de supprimer le dégagement de chaleur du aux moteurs de mes pompes à eau. Je les remets cependant en marche la nuit, pour ne pas trop faire tomber la teneur en oxygène, déjà bien faible lorsque la température de l'eau s'élève. Mais il vrai que la plupart des espèces de killies ne sont que très peu exigeantes sur la teneur en oxygène de leur eau.
Dans les bacs très plantés, l'arrêt du filtre durant quelques jours n'est généralement pas préjudiciable car la photosynthèse est tout aussi efficace que la circulation de l'eau en surface, à condition toutefois de ne surtout pas couper également la lumière (et là gare aux coupures de courant très prolongées, par exemple durant tout un W.E. de 3 jours, où à la fois le filtre et la photosynthèse sont arrêtés). Mais, là encore, ça peut quand même beaucoup dépendre des bacs et surtout des poissons.
Avec l'arrêt d'un filtre (du moins de certains types de filtres), le principal risque apparait en fait lors de sa remise en service : si certaines parties du bac sont trop longtemps restées en totale anaérobie (en particulier certaines couches du sol) il y a pu y avoir inversion du rapport bactéries nitrifiantes (anaérobies) / bactéries dénitrifiantes, donc formation accrue de nitrites, qui sont ensuite mis en solution dans le reste de l'eau du bac lors du redémarrage du filtre... C'était le fameux problème de "l'eau qui tourne", bien connu des anciens qui utilisaient les filtres sous sable. Mais avec des masses filtrantes très oxygénées, telles que celles dont je dispose personnellement avec mes filtres HMF ou mes filtres gouttière (ou certains de mes filtres qui cumulent en fait ces deux principes de filtration), aucun risque de ce type.