En effet, plus le KH est bas, plus le CO2 se dissout facilement.
De la à dire que ton problème vient de là...
Sinon il est normal que tout le CO2 ne se dissolve pas et que des bulles arrivent à la surface, mais normalement, elles éclatent et se dissipent dans l'air. Si elles restent prisonnières, c'est qu'il y a un voile gras plus ou moins important à la surface de l'eau, qui bloque les échanges gazeux.
