D'après ce que je sais sur le sujet, les malformations des guppys ont deux origines : malnutrition (alevins, conditions de maintenance déplorable...) et/ou consanguinité. Ce poisson surnommé "million-fish" par les anglo-saxons se reproduit très rapidement, et dans un aquarium les conditions propices à la consanguinité sont hautement favorisées par le confinement.
Garder des individus malformés risque donc de favoriser ces tares génétiques. C'est la raison pour laquelle il est conseillé de procéder à des échanges entre aquariophiles, d'acheter de nouvelles souches, etc...
Cependant il faut avouer que le guppy est particulièrement sensible à ces malformations. D'où le délicat problème de la sélection de caractères "d'embellissement" chez cet animal (taille et forme de nageoires, coloration, etc...).